劇情：主線與日月的差異大概有20% 左右(不含二周目與究極洞)，大多是細節(jié)或流程更動(修正)，美樂美樂(一島)變化較多些，二島后變化就慢慢少了。

地圖：增加照相館，沖浪海灘與小道館(叁島)。

支線：多了些小支線，如可霓可市的百變 5 怪任務(wù)與究極探險對。寶可夢探索鏡的地點多了一兩個。

寶可夢：可抓到較日月多的種類。初始的御叁家招式學(xué)習(xí)順序有更動。

畫面：美樂美樂(一島)的畫面變化較明顯，二島之后變化少，但整體畫面的彩度有加強。進入戰(zhàn)斗畫面時，多了光暈效果。部分招式的特效有更動。

音樂：對戰(zhàn)音樂較日月動感許多。

游戲難度：較日月提高了些許，如到達烏拉烏拉島(叁島)后，與哈烏的對戰(zhàn)中，日月版中他僅使用叁只寶可夢，在終極日月中，他使用了五只寶可夢。其次，在路上的路人對戰(zhàn)難度也增加了(叁島最明顯。)

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