在最終關，玩家控制的角色被外星人擄走，被迫切換成別的角色開小火箭上宇宙營救，然后全軍燃的不行地攻入外星人母艦。伴隨著章魚大Boss火星之根（Rootmars）墜海，長久以來和火星章魚的戰(zhàn)斗也在此畫上了完滿的句號。同時畫上句號的，還有SNK。因財政問題，SNK推出《合金彈頭3》后不久便宣布破產，擔任2、X、3代畫師的森氣樓也離開SNK轉投CAPCOM。

至于后來的4代和5代，平心而論只能算是外傳性質的作品，無論劇情設定還是制作水準都和1、2（X）、3代有著巨大的差異，直到《合金彈頭6》才再次延續(xù)3代主線故事?；鹦钦卖~大敗后元氣大傷，希望回到往日的輝煌，而莫登元帥又一次想和曾經背叛過他的火星人合作，于是一拍即合結成同盟。他們第一步是復活葬身海底的火星之根，希望借助其強大的力量統(tǒng)治地球。然而由于以火星人為食的金星人亂入，莫登和火星人亂了陣腳，因此以俘虜為條件，要求正規(guī)軍與他們合作，一同趕走這個棘手的敵人，結果昔日敵人聯(lián)合起來幫助火星之根重建文明滅了金星人，劇情可謂峰回路轉。

最后來到《合金彈頭7》，不死心的莫登元帥又一次作死，在垃圾島建立起基地，當然馬上被正規(guī)軍擺平。這時候突然出現(xiàn)了時空裂縫，另一個時空的黑惡勢力——莫登軍團登場。最終決戰(zhàn)是在火山口和一只機械章魚打，勝利后眼看章魚要沉到滾燙的巖漿中，幸好正規(guī)軍的運輸直升機及時趕到，把包括莫登在內的所有人救出火海。在這最后關頭，火星人開來飛碟，莫登元帥和小兵又雙叒叕一次逃掉了……

時至今天，盡管《合金彈頭》人氣已經不像往日那么火爆，但我相信仍然有不少喜歡合金的玩家，偶爾會通過模擬器等各種平臺回味一番，畢竟原汁原味的街機已經相當罕見，而牛逼的射擊和逗逼的故事都是那么的令人懷念。如果你愛折騰，也不妨搞個街機搖桿來，或許找回童年時光就是這么簡單。