與此同時，Snake收到了關(guān)于曾經(jīng)滲透進“大本營”的女間諜Paz（《合金裝備：和平行者》女主角，最后一刻暴露自己最終Boss真面目的偽蘿莉）的消息，據(jù)說Paz并沒有死，而是被囚禁在古巴南方的一個美國海軍基地。

這個基地建有一個監(jiān)獄，在這座監(jiān)獄里美國和古巴的法律均不適用，許多極端的拷問方式都可以在這里進行。了解到這一信息后，一名組織的年輕志愿兵“Chico”（對Paz有感覺），自己擅自開始了對Paz的營救行動。

沒過多久，Snake就收到了來自Chico的求救信號，Chico也被敵人抓住了。別無選擇的Snake親自執(zhí)行了一次潛入任務(wù)，以期將Chico和Paz全部救出。而在此時，“大本營”還需著手準備即將到來的核核查。

但是，Snake并不知道，他的決定最終會引出一系列改變他命運的悲劇事件。